El pago de impuestos es una escala móvil. Supongamos que gana 70.000 dólares. Lo normal es que no pagues impuestos por los primeros 10.000 dólares, el 25% por los siguientes 40.000 dólares y el 40% por cualquier cantidad superior. (Estoy sacando números del aire aquí).
Tu empleador calcula cuánto espera que ganes, y calcula el impuesto que te retiene para que sea la misma cantidad cada periodo. Por lo tanto, la cantidad de impuestos que pagas en un pago regular va a ser algo menos del 40%, porque se promedia entre todos tus pagos.
Sin embargo, la bonificación es extra. Se grava al tipo impositivo marginal, que será del 40%. Es más alto que el tipo medio que paga por el resto de sus ingresos. Sin embargo, la cantidad total de impuestos pagados va a terminar bien.
Por cierto las retenciones fiscales de tu empresa suelen ser calculadas por tu empresa, no por Hacienda, que sabrá que no recibes la paga extra todos los meses.