Me he topado con la misma discrepancia, y me ha extrañado una diferencia significativa entre los dos precios en ETR y FRA. Por ejemplo, hoy es domingo, y google muestra los siguientes precios de cierre para DAI.
FRA:DAI :
Date Open High Low Close Volume
Nov 20, 2015 78.55 79.50 78.50 79.36 8,910
ETR:DAI :
Date Open High Low Close Volume
Nov 20, 2015 79.16 79.60 78.60 79.25 3,076,967
Por lo tanto, parece que hay dos bolsas diferentes que cotizan a precios diferentes.
Ahora, el valor importante aquí, es la última columna (Volume). Según Wikipedia , la negociación en la Bolsa de Frankfort se realiza hoy en día exclusivamente a través de la plataforma Xetra, por lo que el volumen en ETR:DAI es mucho más importante que en FRA:DAI.
Obviamente, la Wikipedia no es 100% exacta, es decir, no todas las operaciones se realizan electrónicamente a través de Xetra. Según su página web, la bolsa de Fráncfort tiene un servicio de Negociación Especializada en el Piso de Fráncfort que tiene un horario de negociación ligeramente diferente.
Sospecho que lo que Google y Yahoo muestran como bolsa de Frankfort es esta negociación manual a través de un especialista (en contraposición a la negociación electrónica de Xetra).
Para responder a tu pregunta, la acción que tienes es exactamente la misma, lo que significa que si compraste un ETR:BMW puedes seguir vendiéndolo en FRA (llamando a un Especialista de Bolsa FRA que probablemente te costará una comisión).
Por otro lado, para la valoración de la cartera y las evaluaciones de rendimiento, sólo debería utilizar los precios de ETR:BMW, porque es mucho más líquido, y por lo tanto refleja mejor la valoración actual del mercado.